A força da natureza sempre prevalece. Em Tokyo Jungle, a raça humana foi aniquilada, não restando nenhum traço de vida inteligente sobre a face da Terra. Em vista do abandono de inúmeras construções das grandes cidades, a vegetação pouco a pouco se alastra, criando a verdadeira selva urbana.
Em um ambiente tão hostil, animais de todas as espécies lutam para sobreviver, devorando os mais fracos em busca de energia e força. Os jogadores podem assumir o controle de uma grande variedade de animais — a exemplo de hipopótamos, cães, tigres, galinhas, girafas, crocodilos, raposas e elefantes —, percorrendo as fases em busca do próximo alvo.
A jogabilidade é lateral, lembrando alguns dos antigos jogos de plataforma. Dependendo do animal escolhido, o jogador poderá desferir uma série de golpes especiais, que vão de simples arranhões com as garras até mordidas vorazes no pescoço das vítimas, matando-as instantaneamente.
Ainda na selva de Tóquio, será permitida a formação de bandos (com a intenção de atacar espécies mais fortes) e a evolução das criaturas, que ganham mais força, resistência e agilidade com o passar das refeições.